貨物在倉庫中的全周期需要能夠實時掌握，因此保稅區(qū)儲的管理信息系統(tǒng)要求也高很多。

保稅貨物主要是暫時進境后還需要復運出境的貨物，或者海關批準暫緩納稅的進口貨物。

第三方保稅物流管理信息系統(tǒng)能夠滿足海關對保稅物品進、出、存、退、換和完稅的管理需求，滿足不同貨主對其保稅備件倉儲、保管、包裝、配送、退貨和回收的相異的物流管理要求；能夠適應多組織架構物流公司的管理和多倉庫統(tǒng)一管理的要求；能夠滿足多貨主的不同備件保稅或完稅物流管理的需求；能夠滿足貨主業(yè)務發(fā)展的需要，進行不同區(qū)域的快速配送服務；能夠快速調整和適應因貨主備件物流管理過程的變化要求；能夠對協(xié)作的承運商進行管理，包括費用的按期結算；能夠設定各種物流費用（包括各種關稅和海關代收），系統(tǒng)按業(yè)務量自動結算物流費用和各種稅收，也可手工調整和補錄費用；貨主隨時可以查詢訂單執(zhí)行情況、庫存和物流費用結算情況等；海關隨時掌控保稅區(qū)保稅備件的進、出、存、退、換和完稅情況；系統(tǒng)支持倉庫使用RF和條碼設備，對倉庫的庫位、備件實現(xiàn)條碼管理，在倉庫中使用RF進行在線作業(yè)，提率、降低出錯率、降低物流成本；有數(shù)據(jù)接口，將不同貨主的訂單自動導入物流系統(tǒng)；對備件的價格、批號、序列號等管理；對備件可實現(xiàn)全程跟蹤查詢；按貨主要求的報表格式產(chǎn)生貨主索要的各類報表；未來能順利拓展相關功能，實現(xiàn)報關管理、貨代管理和運輸管理等，并且是一體化的初始數(shù)據(jù)在各模塊享；提供各類分析報表，給管理提供數(shù)據(jù)的依據(jù)，不斷改進管理，提高服務質量，提高客戶滿意度。

保稅區(qū)每月向海關申報一次貨物進出口清單，并與海關系統(tǒng)核對保稅貨物的庫存，一次完稅，大大簡化了進出關的手續(xù)
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